| H5 亚型禽流感病毒荧光 RT-PCR 检测方法(GB/T 19438.2—2004) |
| 发布时间: 2008 - 05 - 30 | 发布人: | | 字体:【大 中 小】 | | | |
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1 范围 本标准规定了H5亚型禽流感病毒荧光RT-PCR操作方法。 本标准适用于活禽及其产品中H5亚型禽流感病毒的检测。 2 规范性引用文件 下列文件中的条款通过本标准的引用而成为本标准的条款。凡是注日期的引用文件,其随后所有的 修改单(不包括勘误的内容)或修订版均不适用于本标准,然而,鼓励根据本标准达成协议的各方研究 是否可使用这些文件的最新版本。凡是不注日期的引用文件,其最新版本适用于本标准。 GB/T 19438.1-2004 禽流感病毒型通用型荧光RT-PCR检测方法 3 缩略语 下列缩略语适用于本标准: 荧光RT-PCR 荧光反转录—聚合酶链反应。 Ct值 每个反应管内的荧光信号达到设定的阈值时所经历的循环数。 RNA 核糖核酸。 Taq酶 Taq DNA 聚合酶 PBS 磷酸盐缓冲生理盐水 DEPC 焦碳酸乙二酯 4 原理 采用TaqMan方法,在比对禽流感病毒血凝素基因的基础上,设计一对仅在H5亚型禽流感病毒血凝 素基因间保守的特异性引物和一条特异性的荧光双标记探针。该探针的结合部位位于目的扩增片段内 部。其中5’端标记FAM荧光素为报告荧光基团(用R表示),3’端标记TAMRA荧光素为淬灭荧光基团(用Q 表示),它在近距离内能吸收5’端荧光基团发出的荧光信号。反应进入退火阶段时,引物和探针同时与 目的基因片段结合,此时探针上R基团发出的荧光信号被Q基团所吸收,仪器检测不到荧光信号;而反应 进行到延伸阶段时,Taq酶发挥5’→3’的外切核酸酶功能,将探针降解。这样探针上的R基团游离出来, 所发出的荧光不再为Q所吸收而被检测仪所接收。随着PCR反应的循环往复,PCR产物呈指数形式增长, 荧光信号也相应增长,实现了荧光信号的累积与PCR产物形成完全同步。 5 试剂和材料 5.1 试剂 除另有说明,所用试剂均为分析纯;所有试剂均用无RNA酶的容器分装。 氯仿 异丙醇:-20 ℃预冷 75 %乙醇:用新开启的无水乙醇和DEPC水(符合GB6682要求)配制,-20 ℃预冷 0.01 mol/L(pH 7.2)的PBS:配方见GB/T 19438.4-2004附录A。121±2 ℃,15 min高压灭菌冷却 后,无菌条件下加入青霉素、链霉素各10 000 U/mL。 H5 亚型禽流感病毒荧光RT-PCR检测试剂盒1 :试剂盒的组成、说明及使用注意事项见本标准附录A。 ) 5.2 仪器设备 5.2.1 高速台式冷冻离心机 最大离心力 12 000 g 以上。 5.2.2 荧光 PCR 检测仪、计算机 5.2.3 2~4 ℃冰箱和-20 ℃冰箱 5.2.4 微量加样器 0.5 μL~10 μL,5 μL~20 μL,20 μL~200 μL,200 μL~1 000 μL。 5.2.5 组织匀浆器 5.2.6 混匀器 5.2.7 可移动紫外灯 6 样品的采集与前处理 采样过程中样本不得交叉污染,采样及样品前处理过程中须戴一次性手套。 6.1 取样工具 下列取样工具必须经121±2 ℃,15 min高压灭菌或经160 ℃干烤2 h。 拭子; 剪、镊; 研钵; Eppendorf管(1.5 mL)。 6.2 采样方法 6.2.1 活禽样品 取咽喉拭子和泄殖腔拭子,具体采集方法如下: 咽喉拭子,采取时要将拭子深入喉头及上腭裂来回刮3~5次,取咽喉分泌液; 取泄殖腔拭子时,将拭子深入泄殖腔转一圈沾取粪便; 将咽喉拭子和泄殖腔拭子一起放入盛有1.0 mL PBS的Eppendorf管中,编号备用。 6.2.2 内脏或肌肉样品 用无菌镊剪夹取待检样品2.0 g于研钵中充分研磨,再加10 mL PBS混匀,或置于组织匀浆器中,加 入10 mL PBS匀浆,然后将组织悬液转入无菌Eppendorf管中3 000 r/min离心10 min,取上清液转入 Eppendorf管中,编号备用。 6.2.3 血清或血浆 用无菌注射器直接吸取至无菌Eppendorf管中,编号备用。 6.3 存放与运送 采集或处理的样本在2 ℃~8 ℃条件下保存应不超过24 h;若需长期保存,须放置-70 ℃冰箱,但 应避免反复冻融(最多冻融3次)。采集的样品密封后,采用保温壶或保温桶加冰密封,尽快运送到实 验室。 7 操作方法 7.1 实验室的设置与管理 实验室的设置与管理见GB/T 19438.1-2004附录C。 7.2 样本的处理 在样本处理区进行。 1) 由指定单位提供,给出这一信息是为了方便本标准的使用者,并不表示对该产品的认可。如果其他等效产品具有相同 的效果,则可使用这些等效产品。 7.2.1 取 n 个 1.5 mL 灭菌 Eppendorf 管,其中 n 为待检样品数、一管阳性对照及一管阴性对照之和, 对每个管进行编号。 7.2.2 每管加入 600 μL 裂解液,然后分别加入待测样本、阴性对照、阳性对照各 200 μL,吸头反复 吸打混匀(一份样本换用一个吸头);再加入 200 μL 氯仿,混匀器上震荡混匀 5 s(不宜过于强烈, 以免产生乳化层,也可用手颠倒混匀)。于 4 ℃条件下,12 000 r/min 离心 15 min。 7.2.3 取与本标准 7.2.1 中相同数量的 1.5 mL 灭菌 Eppendorf 管,加入 400 μL 异丙醇(-20 ℃ 预 冷),对每个管进行编号。吸取本标准 7.2.2 离心后各管中的上清液转移至相应的管中,上清液至少吸 取 500 μL,注意不要吸出中间层,颠倒混匀。 7.2.4 12 000 r/min 离心 15 min(Eppendorf 管开口保持朝离心机转轴方向放置)。轻轻倒去上清, 倒置于吸水纸上,沾干液体,不同样品应在吸水纸不同地方沾干。加入 600 μL 75%乙醇,颠倒洗涤。 7.2.5于 4 ℃条件下,12 000 r/min 离心 10 min(Eppendorf 管开口保持朝离心机转轴方向放置)。 轻轻倒去上清液,倒置于吸水纸上,沾干液体,不同样品应在吸水纸不同地方沾干。 7.2.6 4 000 r/min 离心 10 s(Eppendorf 管开口保持朝离心机转轴方向放置),将管壁上的残余液 体甩到管底部,用微量加样器尽量将其吸干,一份样本换用一个吸头,吸头不要碰到有沉淀一面,室温 干燥 3 min。不宜过于干燥,以免 RNA 不溶。 7.2.7 加入 11 μL DEPC 水,轻轻混匀,溶解管壁上的 RNA,2 000 r/min 离心 5 s,冰上保存备用。 提取的 RNA 须在 2 h 内进行 RT-PCR 扩增或放置于 -70 ℃冰箱。 7.3 扩增试剂准备与配置 在反应混合物配制区进行。 从试剂盒中取出AIV H5亚型RT-PCR反应液、Taq酶,在室温下融化后,2 000 r/min离心5 s。设所 需PCR数为n,其中n为待检样品数、一管阳性对照及一管阴性对照之和,每个样本测试反应体系配制见 下表。 表 测试反应体系配制表 试剂 RT-PCR 反应液 Taq 酶 用量 15 μL 0.25 μL 计算好各试剂的使用量,加入一适当体积试管中,向其中加入0.25× n颗RT-PCR酶颗粒,充分混合 均匀,向每个PCR管中各分装15 μL,转移至样本处理区。 7.4 加样 在样本处理区进行。在各设定的 PCR 管中分别加入本标准 7.2.7 中制备的 RNA 溶液各 10μL,盖紧 管盖后,500 r/min 离心 30 s。 7.5 荧光 RT-PCR 反应 在检测区进行。将本标准 7.4 中加样后的 PCR 管放入荧光 PCR 检测仪内,记录样本摆放顺序。 循环条件设置 荧光 RT-PCR 检测 H5 亚型禽流感病毒的反应参数为: ——第一阶段,反转录 42 ℃/30 min; ——第二阶段,预变性 92 ℃/3 min; ——第三阶段,92 ℃/10 s,45 ℃/30 s,72 ℃/1 min,5 个循环; ——第四阶段,92 ℃/10 s,60 ℃/30 s,40 个循环,荧光收集设置在第四阶段每次循环的退火 延伸时进行。 8 结果判定 8.1 结果分析条件设定 读取检测结果。阈值设定原则以阈值线刚好超过正常阴性对照品扩增曲线的最高点,结果显示阴性 为准。或可根据仪器噪音情况进行调整。 8.2 质控标准 8.2.1 阴性对照无 Ct 值并且无扩增曲线。 8.2.2 阳性对照的 Ct 值应<28.0,并出现典型的扩增曲线。否则,此次实验视为无效。 8.3 结果描述及判定 8.3.1 阴性 无 Ct 值并且无扩增曲线,表示样品中无禽流感病毒。 8.3.2 阳性 Ct 值≤30.0,且出现典型的扩增曲线,表示样本中存在禽流感病毒。 8.3.3 有效原则 Ct 值>30.0 的样本须重做。重做结果无 Ct 值者为阴性,否则为阳性。
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